В фильме «Подводное волшебство» переплетаются судьбы двух миров, существующих параллельно и в симбиозе. В человеческом королевстве правит добрый, но ослабленный горем вдовец король Георг, чья единственная дочь, принцесса Ханна, внезапно тяжело заболевает. В это время в невидимом для людей подводном царстве восседает мудрая Водяная царица, управляющая своими помощниками и хранящая древнюю тайну.
1983 год, поздняя социалистическая Словакия: обычная городская школа живет по устоявшимся правилам, где каждый ученик знает, что от него ждут, а родители не вмешиваются в работу педагогов, если только не возникает явный повод для недовольства. Все меняется с приходом в класс новой учительницы истории, Марии — бездетной вдовы офицера, которая не подходит под стереотип строгого, формального...