Фильм «Мой друг Зигмунд Фрейд» переносит в Вену конца 1930-х, где мирный уклад рушится под натиском нацизма. Главный герой, молодой Франц из провинции, устраивается продавцом в табачный магазин на вокзале. Эта скромная работа открывает ему доступ к интеллектуальной жизни города. Судьба сводит его с пожилым, больным раком, но ясномысленным Зигмундом Фрейдом.
История начинается с того, что американская студентка колледжа Кристина Карлсон отправляется в Федеративную Республику Германии, чтобы встретиться с женихом, который работает там служащим. Во время прогулки она оказывается рядом с местом проведения секретной спецоперации иностранного агента, и её вместе с шпионом похищают, переправляя на территорию ГДР.