Фильм построен по принципу антологии, где четыре отдельные истории объединены общей идеей и небольшими пересечениями между сюжетными линиями. Каждая из них затрагивает тему контакта с явлениями, которые не укладываются в рамки общепринятого научного понимания мира, и показывает, как обычные люди реагируют на столкновение с неизведанным.
После событий первого фильма сверхсекретная программа «Три Икса» продолжает работу, отбирая для особых миссий людей с уникальными навыками и готовностью идти на риск ради общего блага. В этот раз угроза исходит не из внешних источников, а из самых высших эшелонов власти США: группа высокопоставленных чиновников и военных решает захватить полный контроль над страной, устранив всех, кто может им...