После событий первого фильма четверка черепах-ниндзя — Леонардо, Рафаэль, Микеланджело и Донателло — продолжают жить в подземных тоннелях Нью-Йорка, выполняя роль тайных защитников города, стараясь не попадаться на глаза людям и не создавать лишних проблем для Эйприл О’Нил и ее друга Верна Фенвика. В то же время Шреддер, поддерживаемый оставшимися членами Клана Фут и талантливым, но...
Режиссер Вадим Перльман создал многослойную драматическую историю, в которой реальность переплетается с воспоминаниями и не до конца понятными видениями главной героини. Главная героиня фильма — Диана, которая в старших классах вместе с лучшей подругой Морин пережила страшное событие: стрельбу в их колледже, унесшую жизни многих одноклассников, включая саму Морин.