Действие аниме разворачивается в вымышленной элитной католической школе для девочек Святой Лилианы, основанной в начале XX века в пригороде Токио. В стенах учебного заведения действует особая система отношений: старшие ученицы берут на себя роль наставниц для младших, выступая в роли старших сестёр, а сама администрация школы представлена советом Ямаюрикай, в который входят три старшекурсницы,...
В провинции Ямасиро, охваченной страшной эпидемией чумы, не остается живых местных жителей — все либо умерли, либо бежали, оставив города и деревни пустыми. Глава соседнего самурайского клана Мотидзукэ отправляет в эти покинутые земли разведгруппу из остатков клана ниндзя Кога, чтобы выяснить, что именно происходит на территории, которую все обходят стороной.