Фильм «G. I. Joe. Бросок кобры: Снейк Айз» — это масштабный приквел, раскрывающий истоки одного из самых загадочных бойцов вселенной G.I. Joe. Действие переносит зрителя в мир, где переплетаются древние традиции и современные конфликты. Главный герой, безымянный наёмник с тяжёлым прошлым, совершает поступок, меняющий его жизнь: он спасает наследника влиятельного японского клана Арасикагэ.
Маргарет, молодая американка, приезжает в Токио, пытаясь оставить позади травмирующие события своей жизни. Днём она ведёт скромную жизнь преподавателя английского языка, а ночью теряется в бесконечных лабиринтах столицы Японии — в шумных барах Синдзюку, на узких улочках Сибуи и в анонимных «отелях любви». Её одиночество и поиск себя приводят к встрече с таинственным красавцем из мира якудза.