История знаменитой команды сыщиков-любителей начинается с простой и тёплой встречи: подросток Шэгги находит на улице одинокого щенка и даёт ему имя Скуби-Ду. Эта случайная дружба быстро превращается в неразрывный союз, когда к ним присоединяются умная Дафни, предприимчивый Фредди и рассудительная Вельма.
История начинается с трагической ошибки: главная героиня, несправедливо осужденная за убийство, ожидает исполнения смертного приговора в одной из американских тюрем. Ее судьба резко меняется, когда на нее выходят представители секретной государственной структуры, предлагая сделку, от которой невозможно отказаться.