После событий пятой части саги мир волшебной Британии погрузился в хаос: Пожиратели Смерти захватили Министерство магии, а сам Волан-де-Морт готовится к финальной атаке на тех, кто встал у него на пути. Гарри Поттер, Рон Уизли и Гермиона Грейнджер получают задание от самого Дамблдора — найти и уничтожить оставшиеся крестражы, в которых скрыта частица души Тёмного Лорда, пока он не успел...
Действие фильма разворачивается во II веке нашей эры, когда Римская империя пытается укрепить контроль над Британскими островами, но северные территории, в том числе дикие горы Шотландии, остаются вне ее власти, а о судьбе исчезнувшего без следа два десятилетия назад Девятого легиона ходят мрачные слухи, которые не оставляют равнодушными ни римских командиров, ни простых солдат.