1942 год. На советском фронте и в тылу кипят не только бои, но и титаническая научно-техническая работа, инициатором которой становится личная ставка И. В. Сталина. Заместителю Л. П. Берии, Всеволоду Замятину, поручается колоссальная задача: в сжатые сроки, в условиях тотальной войны, организовать проект создания атомного оружия.
В маленьком российском городке трое приятелей, ищущие быстрого обогащения, задумывают амбициозный ограбление местного банка. Их план необычен — для проникновения в хранилище они используют экскаватор, что позволяет им без лишних сложностей вынести из банка всё, что удалось сложить в кузов. Наутро после дерзкого налета новость об украденных 25 миллионах рублей облетает город.
Октябрь 1941 года. Под Москвой, на Ильинском рубеже, разворачивается один из самых трагических и героических эпизодов Великой Отечественной войны. Сюда, в район Истры, стягиваются подразделения подольских артиллерийского и пехотного училищ. Вчерашние юноши, едва освоившие оружие, получают приказ вместе с частями 43-й армии задержать наступление фашистских танковых клиньев.
Главный герой сериала «Под прикрытием» — Олег Резвов, сотрудник ФСБ, чья судьба складывается неблагоприятно с самого начала: в юности он отбыл срок в колонии за преступление, которое не совершал, после армии устроился на службу в спецслужбы, где его действия постоянно ограничивают вышестоящие коллеги, не давая проявить себя полностью.