В послевоенной Японии 1945 года бывший камикадзе Коити Сикисима возвращается в разрушенный Токио, где теряет родителей и остаётся один среди обломков. Судьба сводит его с девушкой, также потерявшей семью, и её младенцем, спасённым во время налёта. Вместе они пытаются найти опору в мире, где прошлое не отпускает, а будущее выглядит туманным.
Аниме «5 сантиметров в секунду» стало дебютным полнометражным проектом известного японского режиссера Макото Синкая, автора культовых аниме-картин, получивших признание у зрителей по всему миру. Проект состоит из трех самостоятельных, но тесно связанных между собой частей, действие которых разворачивается в разные годы жизни главного героя, Такаки Тоно.