В туманных и безлюдных болотах Северной Каролины, на окраине маленького городка Баркли-Коув, с самых ранних лет живёт в полном одиночестве Киа Кларк. Покинутая родителями, вынужденная сама о себе заботиться, она становится для местных жителей живым воплощением легенды — таинственной и пугающей «болотной девочки».
Фильм «Глубокие воды» — это напряжённое психологическое исследование брака, построенного на деструктивной модели. Супруги Вик и Мелинда из внешне идеальной семьи живут по жуткому договору: она открыто ищет приключений на стороне, он же смиряется с этим, превращая её неверность в мрачное хобби. Их роскошный дом и успешный круг общения скрывают пропасть отчуждения и скрытой ярости.