История начинается с того, что девушка по имени Макико Утида прибывает в портовый город на юге Японии, чтобы найти судно, которое доставит её к месту гибели легендарного линкора «Ямато» — корабля, который 60 лет назад ушёл на последнее плавание и больше не вернулся. В порту она случайно встречает армейского товарища своего отца, который в годы войны служил на этом корабле, и тот соглашается...
События разворачиваются в Японии 1870-х годов, в период стремительных реформ эпохи Мэйдзи, когда страна отказывается от многовековых традиций самурайского сословия и строит новую армию по европейскому образцу. Ветеран Гражданской войны в США, капитан Нейтан Олгрен, нанят императорским правительством как эксперт по современным боевым приемам, чтобы обучить новую армию противостоять последним...