Фильм «Аммонит» переносит в 1840-е годы, в живописные, но суровые скалы английского побережья. Здесь жизнь Мэри Эннинг, талантливой и бедной охотницы за ископаемыми, проходит в беспощадной борьбе за выживание и признание в мужском мире науки. Её мир, состоящий из тяжелого труда, одиночества и горьких обид, резко меняется с появлением Шарлотты Мерчисон — молодой жены состоятельного...
В центре истории — Айван, крупная горилла, которую в детстве вывезли из африканских джунглей и много лет держат в клетке торгового центра, превращённого в зверинец. Он смирился с рутиной, рисует и общается с другом-собакой Бобом, пока в их мир не врывается маленький слонёнок Руби. Её наивные вопросы о доме и семье будоражат память Айвана, пробуждая тёплые, но болезненные образы прошлого.
Действие ленты разворачивается сразу в двух временных плоскостях: в настоящем пожилой Мэри живёт тихой размеренной жизнью, но однажды её навещают журналисты, которые хотят рассказать историю её необычной судьбы. От первого вопроса героиню начинает переносить в 1950-е годы, когда она была молодой домохозяйкой, мечтавшей о чём-то большем, чем рутина и забота о муже и детях.