После событий первого фильма «Мстители» и победы над армией Читаури Тони Старк, Брюс Баннер и остальные герои пытаются вернуться к обычной жизни, но у них все еще есть нерешенные задачи по защите планеты от будущих угроз. В попытках создать универсальную защитную систему, способную обезопасить Землю от любых внешних и внутренних угроз, Тони и Брюс решают использовать артефакты из хранилища Щ.И.Т.
Когда первый контакт с внеземной цивилизацией состоялся, человечество ожидало либо враждебного вторжения, либо грандиозного технологического прорыва. Но корабль пришельцев просто застрял в небе над Йоханнесбургом, а его пассажиры оказались не завоевателями, а беженцами, сбежавшими от катастрофы на родной планете.