Фильм «Цветы зла» — это напряжённая психологическая драма, разворачивающаяся в стенах японской старшей школы. Главный герой, Такао Касуга, живёт в состоянии глубокой апатии, считая свою жизнь завершённой после перевода в новую школу. Его единственное утешение — чтение мрачных стихов Шарля Бодлера и тайное обожание одноклассницы Нанако Сэно, воплощения чистоты и совершенства.
Когда компания шестерых друзей детства, называвших себя «супермиротворцы», потеряла свою подругу Мэйко Хонма, каждый из них пошел своей дорогой. Лидер группы Дзинта Ядоми, считавший себя виновным в трагедии, замкнулся в себе и перестал общаться с окружающими, погрузившись в жизнь хикикомори. Остальные ребята разъехались: кто-то поступил в престижное учебное заведение, кто-то пытается жить...