Уилл Шоу приехал на яхте к отцу, с которым давно не ладил, отдохнуть у берегов Испании от городской суеты и рабочих проблем, даже не подозревая, что этот отпуск станет для него началом самой опасной ситуации в жизни. Все меняется за несколько часов: на яхту нападают неизвестные, родные Уилла становятся заложниками, а сам он остается один, пытаясь понять, что происходит и как спасти близких.
После событий первого фильма Нео окончательно осознает, что он Избранный, способный изменить правила Матрицы и освободить человечество из плена машин. Но путь к этой цели оказывается куда сложнее, чем казалось: восстание людей сталкивается с новыми угрозами, а сама система контроля над человечеством проявляет неожиданные особенности.