Фильм «Синий Жук» знакомит зрителей с Хайме Рейесом — обычным подростком из скромной мексиканской семьи, живущим в американском городке Палмер-Спрингс. Его жизнь кардинально меняется, когда он случайно находит древний инопланетный артефакт — живой костюм, который сращивается с его телом и наделяет его невероятными способностями.
Четыре десятилетия спустя после событий оригинальной трилогии Томас Андерсон живёт в Сан-Франциско, где прославился как создатель культовой серии видеоигр «Матрица». Он проходит терапию, принимает сине-зелёные таблетки и старается не обращать внимания на периодические сбои в восприятии — мимолётные вспышки альтернативной реальности, которые он списывает на творческое выгорание.