События разворачиваются в мире, где недавний триумф над тираном Боузером оказался лишь передышкой. Наш неутомимый водопроводчик Марио, обретя покой в Бруклине, неожиданно сталкивается с новой, ещё более масштабной угрозой. На арене появляется хитроумный Варио, объединивший силы с загадочным Боузером-младшим.
После успешного превращения из опасных преступников в уважаемых гражданских Плохие парни наконец-то обретают то, о чём мечтали: стабильность, признание и возможность строить нормальное будущее. Их легендарный провал в музее и последующее искупление стали городской сказкой. Однако тихая жизнь оказывается хрупкой, когда в неё врывается таинственный агент из прошлого с предложением, от которого...