Действие разворачивается в мрачном и масштабном будущем, где человечество, объединённое в Космическое командование объединённых наций, ведёт проигрышную войну против могущественного альянса инопланетных рас — Ковенанта. Эта теократическая империя, обладающая превосходством в технологиях и численности, методически уничтожает колонии людей.
Новая глава легендарной франшизы «Люди в чёрном» переносит действие в глобальный масштаб, фокусируясь на международном отделе секретной службы. Тайная организация, стоящая на страже Земли от инопланетных угроз, обнаруживает в своих рядах замаскированного шпиона. Его цель — подорвать систему безопасности планеты и спровоцировать масштабную катастрофу.