Действие разворачивается в постапокалиптической Великобритании, где прошло уже целых 28 лет с момента вспышки вируса, превратившего большинство населения в безжалостных, агрессивных существ. Общество рухнуло, остатки человечества скрываются в изолированных поселениях, а природа медленно отвоевывает города.
Паддингтон, уже ставший настоящим лондонцем и опорой семьи Браунов, получает неожиданное письмо от тетушки Люси, которая живёт в далёкой Перу. Она зовёт племянника на помощь — их старый дом в джунглях под угрозой, а вместе с ним и тайна, связанная с прошлым самого Паддингтона. Не раздумывая, герой вместе с семьёй Браунов отправляется в захватывающее путешествие через Амазонку, где их ждут...