В мире, где супергерои считались гарантами безопасности, происходит неслыханное — таинственные пришельцы синхронно похищают всех взрослых защитников. Остаются лишь их дети, которые, как оказывается, тоже обладают скрытыми способностями. Среди них — Мисси Морено, дочь знаменитого супергероя, которая не намерена сдаваться.
Действие разворачивается в XXVI веке, спустя три столетия после разрушительной войны, которая разделила человечество на две части: нищих обитателей «Железного города» и элиту «Небесного города». Доктор Дай Идо, талантливый механик и создатель киборгов, находит в свалке останки женского киборга и, починив его, даёт ему имя Алита.
Обычный пригород, где все дома выглядят одинаково, а все взрослые работают на одну и ту же крупную корпорацию, производителя популярных коммуникаторов, внезапно перестает быть скучным и предсказуемым после того, как на голову 11-летнему мальчику падает странный разноцветный булыжник. Мальчик быстро понимает, что найденный им камень не обычный — он исполняет абсолютно любые желания того, кто им...