Мультфильм «Кот в сапогах» — это сольная история знаменитого героя франшизы «Шрек», который раньше появлялся только во второстепенных ролях. Действие разворачивается задолго до встречи кота с Ослом и Шреком: когда-то он был уже известным героем, но одна неудачная авантюра почти полностью испортила его репутацию, и теперь все жители города боятся даже смотреть в его сторону.
Когда весь мир следит за торжественной церемонией избрания нового главы католической церкви, в стенах Ватикана начинают происходить зверские ритуальные убийства кандидатов на пост Папы. Все улики указывают на возрождение тайного ордена иллюминатов — братства, которое веками ведет кровную вражду с католической церковью и было официально уничтожено в Средние века.