Аракуни Ибуки живёт обычной жизнью японского старшеклассника, пока главарь влиятельного клана якудза не раскрывает ему шокирующую тайну: его лучшая подруга с детства, Хонэко Акабанэ, является незаконнорожденной дочерью криминального авторитета. Из-за междоусобных войн за голову девушки назначена колоссальная награда, и её жизнь постоянно в опасности.
Фильм «Цветы зла» — это напряжённая психологическая драма, разворачивающаяся в стенах японской старшей школы. Главный герой, Такао Касуга, живёт в состоянии глубокой апатии, считая свою жизнь завершённой после перевода в новую школу. Его единственное утешение — чтение мрачных стихов Шарля Бодлера и тайное обожание одноклассницы Нанако Сэно, воплощения чистоты и совершенства.