Это полнометражное завершение масштабной сюжетной арки, развернувшейся в сериале «Звездные врата: SG-1». После того как команда SG-1 сорвала планы Орайев по порабощению галактики, враги не оставили попыток добраться до Земли: они обнаружили сеть древних суперворотов, сквозь которые можно отправить целую армаду на родную планету людей и уничтожить человечество за несколько часов.
После увольнения из ФБР Фокс Малдер живет уединенной жизнью в отдаленном доме, избегая контактов с коллегами и следствий по делам с паранормальным уклоном, а Дана Скалли работает врачом в католической больнице, пытаясь совместить научный подход к медицине с остатками веры, которую она так долго оспаривала во время совместной работы с Малдером.