Действие разворачивается в 1864 году, в разгар смуты Бакумацу, когда Киото охвачен борьбой между сторонниками сёгуната и императорской властью. В этой обстановке Химура Кэнсин, прославившийся как безжалостный убийца Баттосай, пытается оставить кровавое прошлое, но преследование бывших соратников и война не дают ему шанса на покой.
История начинается с того, что девушка по имени Макико Утида прибывает в портовый город на юге Японии, чтобы найти судно, которое доставит её к месту гибели легендарного линкора «Ямато» — корабля, который 60 лет назад ушёл на последнее плавание и больше не вернулся. В порту она случайно встречает армейского товарища своего отца, который в годы войны служил на этом корабле, и тот соглашается...