Действие фильма разворачивается на пике Войн клонов, которые длятся уже три года. Галактическая Республика, некогда бывшая стабильным государством с развитой системой прав и порядка, превратилась в огромное поле битвы: с одной стороны действуют армии клонов, подчиняющиеся канцлеру Верховному Канцлеру Палпатину, с другой — армады боевых дроидов, которых ведёт граф Дуку, тайный тёмный лорд ситхов.
Действие разворачивается через десять лет после того, как Анакин Скайуокер завершил обучение у джедаев, а Республика столкнулась с ростом внутренних противоречий и недовольства планет, желающих выйти из её состава. Движение сепаратистов, объединяющее сотни планет и влиятельные корпоративные альянсы, открыто заявляет о намерении отделиться от центральной власти, а угроза масштабного конфликта...