Действие разворачивается в недалёком будущем, где человечество столкнулось с угрозой со стороны таинственных существ, получивших название Враги. Для борьбы с ними создана система специализированных школ, где подростки с уникальными способностями проходят подготовку. В одной из таких академий оказывается Нана — совершенно обычный юноша, лишённый каких-либо паранормальных талантов.
Действие происходит в будущем, где на смену шлему AmuSphere пришла очковая система дополненной реальности Augma. На её волне выпускается игра Ordinal Scale, где каждый игрок получает ранг, соответствующий его порядковому номеру. Кирито, Асуна и их друзья, вновь столкнувшись с виртуальным миром, решают испытать новую игру, чтобы вернуть себе прежние ощущения и статус.