Заключительная часть масштабной аниме-адаптации культовой манги «Стальной алхимик» приносит развязку эпической саги о братьях Элриках. После событий предыдущих фильмов Эдвард и Альфонс, используя остатки сил и знаний, устремляются на северный фронт, где разворачивается решающая битва с созданными людьми Хомункулами и их таинственным отцом.
Действие разворачивается в 1614 году, когда Япония только что объединилась под властью первого сёгуна Токугавы, а многовековая вражда между кланами ниндзя Кога и Ига еще не угасла. Последние представители двух семейств — Генносукэ из Кога и Оборо из Ига — мечтают положить конец бесконечной цепи мести, и их взаимные чувства кажутся тем самым инструментом, который поможет примирить разоренные...