Сюжет разворачивается в мире, где алхимия является общепризнанной наукой, но подчиняется строгому правилу равнозначного обмена: чтобы получить что-то, необходимо отдать нечто равноценное. В детстве братья Эдвард и Альфонс Элрики, сыновья известного алхимика, нарушили главный запрет алхимии — не стали обращаться к созданию человека, и поплатились за это ужасной ценой.
Действие разворачивается в мире, где два измерения — мир живых и мир духов — существуют параллельно, но большинство людей с годами утратили способность видеть и слышать незримых существ, перестав верить в их существование. Но есть избранные, способные контактировать с духами, управлять ими и использовать их силу для защиты людей — их называют шаманами, и раз в несколько столетий среди них...